הצומח על הגבעה של יודפת העתיקה מתואר תוך הדגשת הצמחים המעוצים והמאפיינים הבוטניים המיוחדים לגבעה  עליה בנוי האתר: שדה חצבים ענק (הגדול בארץ?!) וקבוצות עצי לבנה רפואי מרשימות בעלות גזע מרכזי זקן ועבה. המרחב  פנימה לקו החומה מימי המרד, חשוף כמעט לחלוטין מצומח מעוצה וכן מצמחים עשבוניים רב-שנתיים, למעט חצבים. כיפת הנארי הנישאת בראש הגבעה בוהקת בשממונה למרחק רב והיא חסרה צמחי סלעים כמעט לחלוטין. החסר המובהק של עצי וזריעי אלון מצוי באתר בולט לעומת החורש הטבעי הצפוף בהר עצמון הסמוך ולעומת השליטה  של עצי אלה ארץ-ישראלית גדולים בקירות פתחי המערות ובמדרונות הסלעיים. קבוצות עצי הלבנה הקשישים גדלות גם בשטח חורבות הכפר הביזנטי המצוי מצפון לגבעת יודפת העתיקה...